Pengiriman SDM ke Israel tidak terhenti sampai di sini, masih dilakukan pada tahun 1981 yang ditujukan untuk pembelian tahap kedua atau Operasi Alpha II, walaupun minim informasi berapa orang yang dikirim dan apakah orang yang sama pula. Diperkirakan SDM Alpha II adalah campuran antara personil lama dengan yang baru, tentunya pendidikannya ditingkatkan tidak sekedar tingkat operasional yang tergolong dasar. Selama periode tahun 1980-1981, satu Skyhawk (TT-0409) jatuh di Baucau, Timor Leste, lalu Israel segera menggantinya karena masih masa garansi dengan TT-0417. Lewat Alpha II, TNI-AU kembali menerima 16 unit Skyhawk pada tahun 1982, berbeda dengan sebelumnya yang berkamuflase biru, kali ini berwarna hijau dan seluruhnya dari versi E. Skyhawk hijau ini berikutnya ditempatkan pula di Iswahyudi untuk membentuk kembali Skadron 12.

Sebagai negara penjual, Israel kembali menawarkan jasanya kepada TNI-AU sebagai operator Skyhawk, kali ini lewat program AOCC (Advanced Operational Combat Course), kursus selama dua bulan dan 30 jam terbang, namun dilaksanakan bukan di Israel melainkan di Indonesia dengan mengirimkan dua instruktur pilot. Kursus ini merupakan pelatihan antar instruktur, empat instruktur Skyhawk TNI-AU dididik dengan pengalaman Heyl Ha’Avir saat perang dengan negara-negara Arab.

Kurikulum kursus meliputi pengisian bahan bakar di udara (air refueling), long range interdiction moving target bombing, DACT (Dissimilar Air Combat Tactics), dan weapon selection. Selama kursus itu, 120 bom Mk-82, 24 bom napalm, 24 bom cluster, ratusan roket tipe FFAR (Folding-Fin Aerial Rocket), dan ribuan peluru meriam kaliber 30 mm telah digunakan. Keempat instruktur TNI-AU dengan menerbangkan empat unit Skyhawk, sebagai bagian dari akhir kursus, melaksanakan misi simulasi serangan udara dan pemboman di atas Rambang, Lombok, terbang rendah dari Iswahyudi dengan kecepatan hampir 800 km/jam. Simulasi ini juga diikut sertakan empat unit Northrop F-5E/F Tiger II dari Skadron 14 sebagai pihak lawan/pencegat.

Selesai AOCC bukan berarti tidak ada campur tangan Israel lagi, namun kali ini pada bidang teknik. Skyhawk milik Israel memang berbeda dan dimodifikasi penuh untuk kebutuhan perang melawan negara-negara Arab. Beberapa fitur yang kasat mata adalah penggunaan tailpipe memanjang yang bertujuan menghindari serangan misil pencari panas (heat seeker) dan pemasangan meriam kaliber 30 mm yang sebenarnya tidak terlalu akurat dibandingkan versi orisinal kaliber 20 mm, namun punya daya gempur yang lebih mumpuni. Dari sini saja sebenarnya bisa menebak darimana asal dan kisah asli Skyhawk TNI-AU.

Royke “Rascal” Lumintang, Thunder-17, dipotret saat berada di Israel pada bulan September 1981 (Operasi Alpha II).

TNI-AU mendatangkan dua instruktur asal Israel untuk program AOCC pada tahun 1984. Kesempatan emas bagi pilot-pilot Skyhawk TNI-AU berguru kepada pilot yang berpengalaman perang melawan negara-negara Arab.

Fitur lainnya yang unik dari Skyhawk milik Israel adalah di bagian punuk/punggung pesawat yang berisikan alat pengacau elektronik (jammer). Karena canggih dan tergolong rahasia, alat ini sudah dilepas saat dijual kepada Indonesia. Tidak masalah, karena Skyhawk TNI-AU lebih ditujukan untuk tugas dalam negeri khususnya menghadapi gerilyawan di Timor Leste dan Papua bukannya menghadapi agresi dari negara asing. Meskipun demikian Skyhawk TNI-AU wajib dimodifikasi demi tugas ini, khususnya di peralatan radio berikut antenanya yang memungkinkan terhubung dengan pasukan darat. Beberapa modifikasi lainnya meliputi pemasangan kamera untuk menilai hasil penyerangan darat, serta pemasangan radar Doppler, TANS (Tactical Air Navigation System), dan AHRS (Altitude Heading Reference System) yang ketiganya terintegrasi erat sehingga pilot Skyhawk dengan mudah bernavigasi dan melakukan serangan darat secara presisi.

Modifikasi era 1980-an kembali dilanjutkan pada tahun 1990 agar Skyhawk TNI-AU tetap up to date dan menjadi kekuatan serang yang diperhitungkan. Kembali lagi Israel dilibatkan kali ini lewat pemasangan WDNS (Weapon Delivery Navigation System) buatan IAI (Israel Aviation Industries) yang pastinya lebih canggih dari sebelumnya. WDNS yang terpasang di pesawat tempur Kfir, Phantom, dan pastinya Skyhawk, sudah dibuktikan kemampuan dan kehandalannya saat menghadapi Suriah pada tahun 1982. Sistem ini dapat memandu pilot secara visual dan navigasi buta, serta memandu sistem persenjataan udara ke darat lewat unit pengukuran inersial sebagai sensor utamanya. Lebih lanjut lagi WDNS dapat menerima masukan dari central air data computer, fire control radar, serta pelacak optik dan laser baik dari pesawat maupun pasukan darat. Singkat kata sebelum bom pintar dipandu satelit dipakai secara meluas pasca Perang Teluk 1991, WDNS adalah yang terbaik di eranya.

Lewat Operasi Bolleros (bahasa Spanyol, yang artinya tukang roti), tim teknik Israel diselundupkan ke Iswahyudi pada tahun 1990. Sangat rahasia sehingga hanya beberapa personil teknik dan dua pilot uji dari TNI-AU saja yang dilibatkan dalam proyek ini. Modifikasi WDNS ini memang rumit apalagi kebutuhan listrik di Skyhawk jadi bertambah sehingga perlu modifikasi dan mengganti generator pesawat. Setelah dua unit berhasil dipasang dan diuji dengan baik, seluruh armada Skyhawk memiliki WDNS pada tahun 1992. Sebagai catatan armada Tiger milik Skadron 14 juga dipasang WDNS bukan oleh Israel melainkan Belgia, tepatnya SABCA (Societe Anonyme Belge de Construction Aeronautiques) lewat program MACAN (Modernization of Avionic Capability for Armament and Navigation) pada tahun 1999.

WDNS menjadi keterlibatan Israel terakhir di armada Skyhawk TNI-AU. Modifikasi ini memang tidak sehebat Singapura lewat Proyek Super Skyhawk yang pastinya lebih mahal dan lebih rumit, namun setidaknya secara teknologi tetap up to date dan diharapkan Skyhawk TNI-AU akan terus dipakai sampai sepuluh tahun mendatang atau pada awal milenium. Namun usia pesawat tidak dapat disangkal, sudah mencapai lebih dari 10 tahun pemakaian, kalau dihitung dengan pemakaian Heyl Ha’Avir sebelumnya setidaknya mencapai sekitar 20 tahun. TNI-AU lantas mengambil kebijaksanaan pembelian British Aerospace Hawk 100/200 sebagai re-generasinya. Hawk 100/200 mulai menggantikan peran Skyhawk di Skadron 12 pada pertengahan 1990-an, dan seluruh Skyhawk eks Skadron 12 ini diserahkan seluruhnya ke Skadron 11. Pada saat itu Skadron 11 mengoperasikan sekitar 27 unit namun terus menurun pasca krisis moneter 1997/1998 menjadi 19 unit saja. Sulit mendapatkan dan mahalnya suku cadang, ditambah lagi Skadron 11 melakukan re-generasi dengan Sukhoi Su-27/Su-30, sehingga menyisakan hanya empat sampai lima unit Skyhawk, yang seluruhnya dipensiunkan pada bulan Agustus 2004. (Aviahistoria.com, Sejarah Penerbangan Indonesia)